Objekt kostola Ducha Svätého a Špitálika pochádza z čias stredoveku. Založil ho hlohovský zemepán Mikuláš Kont niekedy pred rokom 1367 (v tomto roku zomrel). Mikuláš Ujlaky veľmi pozdvihol mesto Hlohovec – udelil mu mestské výsady a podporoval rozvoj cirkevnej organizácie v Hlohovci – okrem kaplnky na zámku dal postaviť aj tento kostol a špitál, ktorý mal slúžiť pre tých najbiednejších – pre tých, čo si pre starobu alebo chorobu nemohli zarobiť na chlieb.
V roku 1400 zomrela Klára Kontová, vdova po zakladateľovi kostola a špitála, a v testamente mu odkázala veľké majetky – polia, ale aj domy a poddaných, dokonca aj kúpeľ, ktorý sa nachádzal oproti špitála a bol jediný v meste. Majetky špitála spravoval špitálsky richtár, ktorý nepodliehal pod mestského richtára ale priamo pod zemepána Hlohovca.
V roku 1401 udelil pápež Bonifác IX. odpustky špitálskej kaplnke Ducha Svätého (okrem toho aj ďalším hlohovským kostolom: Kostolu sv. Mikuláša, Kostolu Všetkých svätých, Kostolu sv. Petra a Kostolu Panny Márie.
Na začiatku 17. storočia bol pravdepodobne aj Kostol Ducha Svätého v užívaní evanjelikov, no špitál slúžil naďalej pôvodnému účelu.
Novú etapu zažil špitál i s kostolom na konci 18. st., keď bol prestavaný a obnovený. Vtedy sa o túto prestavbu postaral hlohovský zemepán gróf Jozef Erdody.
Podľa dokumentov zachovaných vo farskom archíve sa na začiatku 20. st. plánovala nadstavba špitálika na poschodový objekt, ktorý mal slúžiť ako chudobinec a aj ako kláštor rehoľných sestier, ktoré by sa tu starali o chudobných.
Po prvej svetovej vojne prešiel chudobinec do mestskej správy a prestal byť dotovaný z majetkov rodiny Erdody. Postupne sa zmenil na starobinec, duchovná správa špitála a kostola však naďalej zostávala hlohovským farárom. Ďalšie zmeny priniesol koniec II. svetovej vojny a nástup socializmu po 1948 – vtedy špitál prešiel do štátnej správy. Nastalo obdobie stagnácie – postupne boli v meste vybudované moderné sociálne zariadenia – domovy dôchodcov s starý špitálik upadal. Na opravy kostola štát peniaze nedával a tak oba objekty začali chátrať. Koncom 60. rokov bol pre zlý stav obudov starobinec zrušený. Pamiatkovo cenný objekt však nemal schátrať, ale mal byť využitý ako múzeum. Začiatkom 70. rokov 20. st. bol kostol i špitál prenajatý Západoslovenskému múzeu v Trnave a po archeologickom výskume a obnove tu mala byť nainštalovaná expozícia sakrálneho umenia.
Pôvodné zariadenie kostola bolo odnesené a v kostole i špitáli prebiehal rozsiahly archeologický výskum. Tým sa však, zrejme pre nedostatok financií, celý projekt obnovy skončil. Objekty zostali rozkopané, so zatekajúcou strechou a rozpadajúcimi sa stropmi.
Nové svetlo do budúcnosti objektov priniesol až roky 1989 a najmä 1990, kedy boli objekty vrátené Cirkvi a pomaly sa začalo s ich obnovou, ktorá sa vďaka pomoci mnohých dobrodincov dokončila v roku 2001 posvätením kostola a špitála.
Dnes objekty slúžia ako pastoračné centrum – v minulosti tu pomáhali ľudskému telu, dnes slúži pre pomoc ľudským dušiam – najmä deťom, mladým a rodinám.
Súčasná podoba kostola pochádza z konca 18. storočia, kedy ho v roku 1797 spolu so špitálikom dal v barokovo - klasicistickom štýle prestavať vtedajší hlohovský zemepán gróf Jozef Erdody.
Presbytérium
Presbytérium kostola bolo v minulosti predelené priečkou, za ktorou sa nachádzala pôvodná sakristia kostola – mala dve okná, ktoré sú dnes zamurované – boli na miestach, kde teraz môžeme vidieť výklenky a z vonkajšej strany môžno vidieť aj kamenné ostenia pôvodných okien. V minulosti sa tieto okná nachádzali v takmer trojmetrovej výške, no postupným navážaním zaminy a zvyšovaním podláh kostola – najmä pri prestavbe v 18. st. sa dostali na dnešnú úroveň podlahy. Dnešná podoba presbytéria pochádza tiež z tejto barokovo-klasicistickej prestavby. Vtedy sem bol daný aj nový hlavný oltár, ktorý sa však dodnes nezachoval.
Loď
Okrem hlavného oltára sa v kostole nachádzali ešte tri bočné oltáre – tie však boli už v lodi kostola. Dva z nich po stranách presbytéria – kde sú teraz sochy Panny Márie a sv. Jozefa. O ich patrocíniach vieme, že jeden bol zasvätený Panne Márii a druhý sv. Kataríne.
Keď vyjdete von, tak na južnej stene kostola si budete môcť všimnúť pôvodné gotické okná, ktoré boli v lodi tri a v 18. storočí ich nahradili dnešné barokové okná.
Na strope lode vidíme orámované kartuše, ktoré kedysi zdobili maľby – tie sa však nezachovali, pretože pred opravou tu bol strop veľmi poškodený, niekde už dokonca nebol vôbec.Špitálik
Kaplnka Božieho hrobu
Tu bola pôvodne sakristia kostola. Kedysi tieto priestory neexistovali – kostol a špitál neboli spojené – dokazuje to aj zamurovaný hlavný portál, ktorý sa v súčastnosti nachádza už pod úrovňou podlahy (v 18. storočí navážali hlinu – zvyšovali podlahy kostola aj špitála) to bol pôvodný vstup do kostola – nahradený bol v 15. st. vstupom z boku – od ulice – kde tiež môžete vidieť zamurovaný neskorogotický portál. Pravdepodobne už vtedy prišlo k spojeniu objektu kostola a špitálika.
Súčasnú podobu dostala táto miestnosť na konci 18. st. pri klasicistickej prestavbe – prevetľuje ju len jedno okienko (hore).
Zaujímavosťou tejto miestnosti je v súčastnosti najmä socha Panny Márie – je to kópia Milostivej sošky Panny Márie z rakúskeho Mariazellu, ktorú Hlohovčanom údajne daroval uhorský kráľ Ľudovít II. Jagelovský (zomrel v roku 1525).
Sakristia
Tu bola pôvodná kuchyňa špitála – je z nej vchod do pivnice.
Schodisková miestnosť a múzeum
Toto boli miestnosti pre chorých a zomierajúcich obyvateľov špitála – čiže akási nemocničná časť špitála.
Chodba
Tu za dverami si môžeme všimnúť pôvodné okno špitálika, ktoré pochádza z čias renesancie (16. st.).
Na chodbe je dnes aj malá galéria obrazov. Obraz Panny Márie s Ježiškom, v pozadí sv. Anton, obraz sv. Jána Evanjelistu, votívny obraz Nepoškvrneného počatia Panny Márie z Koplotovského kostola a obraz Panny Márie – tlač zo zač. 20. st. + menšia sväté obrazy.
Pri dverách sa nachádzajú moderné drevené plastiky Panny Márie Lurdskej, sv. Cyrila a Metoda
Knižnica
Tu bola pôvodne miestnosť pre 6 mužov, kt. bývali v špitáliku, keď sa špitál zmenil na starobinec (v pol. 20. st.), tak tu bola ošetrovňa a lekárska miestnosť.
Od roku 2000 sa tu nachádza farská knižnica a archív. Knižnica obsahuje farské knihy od konca 17. st., väčšiu časť však tvoria novšie knihy – spolu obsahuje vyše 2000 zväzkov. Archív obsahuje dokumenty od konca 17. st. (1677) až po najnovšiu dobu. Obraz medzi oknami – Rozjímajúca pochádza zo zač. 20 st.
Televízorová miestnosť
Táto miestnosť patrila pôvodne k špitáliku, prepojená s kostolom je až po rekonštrukcii v 90. r. 20. st. – keď tu bol chudobinec bola to izba so 6 posteľami pre ženy.
Dnes tu môžete vidieť pozlátenú barokovú sochu Sedembolestnej Panny Márie spred roku 1730, ktorá bola pôvodne na hlavnom oltári kaplnky Povýšenia Sv. Kríža na cintoríne – Erdodyovská hrobka.
Novú sochu sv. Jána Nepomuckého medzi oknami dal pre kostolík zhotoviť Mons. Repiský.